在有机蔬菜生产中，允许使用的肥料种类有：按有机农业生产标准要求，经高温发酵无害化处理后的农家肥，如堆肥、厩肥、沼肥、作物秸秆、泥肥、饼肥等；生物菌肥，如腐殖酸类肥料、根瘤菌肥料、复合微生物肥料等；绿肥，如草木樨、紫云英、紫花苜蓿等；草木灰等；腐熟的蘑菇培养废料和蚯蚓培养基质；矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙等物质。
另外还包括通过了有机认证机构认证的有机专用肥和部分微生物肥料等。叶面施用的肥料有腐殖酸肥、微生物菌肥及其他生物叶面专用肥等。 此外，有机蔬菜生产中不允许使用化学合成的肥料；有机蔬菜种植应限制使用人粪尿。